Unit Kegiatan Mahasiswa adalah organisasi pelaksana dalam bidang peminatan dan bakat yang berkoordinasi dengan Badan Eksekutif Mahasiswa, berada di bawah pengawasan Wakil Direktur III, serta berhak mendapatkan pembinaan dari dosen pembimbing yang ditunjuk oleh Wakil Direktur III. UKM di lingkungan Poltekkes BSI terdiri atas:
- UKM PSM (Paduan Suara Mahasiswa), merupakan organisasi pelaksana dalam bidang peminatan dan bakat seni suara, antara lain dengan melakukan kegiatan rutin latihan paduan suara untuk mewakili kampus dalam acara-acara lomba maupun undangan acara ceremonial lainnya. PSM Bahana Bhakti Setya secara rutin tampil dalam acara wisuda tahunan Poltekkes BSI, acara PPS, maupun kegiatan lomba dan ceremonial lain diluar kampus.
- UKM QSC (Qur’anic Study Club), merupakan organisasi yang bergerak dalam bidang pembinaan karakter mahasiswa muslim. UKM ini secara rutin melakukan pembinaan internal pengurus melalui kegiatan pelatihan/motivasi/ESQ, serta menyelenggarakan kegiatan mentoring bagi mahasiswa baru.
- UKM KMK (Komunitas Mahasiswa Kristen-Katolik), merupakan organisasi yang bergerak dalam bidang pembinaan karakter mahasiswa yang beragama selain muslim. UKM ini mengadakan kegiatan positif untuk memperbaiki kepribadian dan karakter mahasiswa melalui pendekatan agama masing-masing.
- UKM EC (English Club), merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat Bahasa Inggris. UKM ini bekerja sama dengan lembaga lain untuk mengadakan tes penjajakan TOEFL, latihan rutin bahasa inggris, serta aktif dalam kegiatan NUEDC (National University English Debating Club).
- UKM FC (Futsal Club), merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat olah raga futsal. UKM ini aktif dalam kegiatan latihan rutin dan lomba tingkat local, wilayah, maupun nasional. Tahun 2019 memenangkan kompetisi Futsal antar Prodi Kesehatan Se-DIY sebagai juara 1.
- UKM Taekwondo Dojang BSI merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat olah raga taekwondo. UKM ini memfasilitasi mahasiswa dalam kegiatan latihan rutin maupun kejuaraan tingkat wilayah, nasional, hingga internasional.
- UKM Bola Volly, merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat olah raga bola Volly. UKM ini aktif dalam kegiatan latihan rutin dan mengikuti lomba dalam tingkat local, wilayah maupun nasional. Pada awal tahun 2020 berhasil menjadi juara 1 pada turnamen bola volley putri antar Prodi Kesehatan se-DIY.
- UKM Basket, merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat olahraga basket. UKM ini aktif dalam kegiatan latihan rutin dan mengikuti lomba dalam tingkat local, wilayah maupun nasional.
- UKM SATGAS KUMAN (Satuan Tugas Komunitas Mahasiswa Anti Narkoba), merupakan satuan tugas yang berkoordinasi dengan BNNP DIY (Badan Narkotika Nasional D.I. Yogyakarta), yang aktif melakukan program P4GN (Pencegahan, Pemberantasan, Penyalahgunaan, dan Peredaran Gelap Narkoba). Melalui UKM ini diharapkan mahasiswa Poltekkes BSI terbebas dari bahaya narkoba. Beberapa agenda rutin yang diadakan seperti: kunjungan ke Panti Rehabilitasi Narkoba, dan penyuluhan anti narkoba ke SMA / SMK di wilayah Yogyakarta dan sekitarnya.
- UKM APS (Akademi Pengusaha Sukses), merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan kewirausahaan. UKM ini mengasah jiwa entrepreneurship mahasiswa dan menjadi pelaksana teknis program inkubasi bisnis dari Unit Kewirausahaan, melalui kegiatan pelatihan hingga pendampingan usaha. Kegiatan tersebut bertujuan untuk mencetak lulusan yang mandiri dan mampu menjadi job creator (pencetak lapangan kerja).
- UKM TARI merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat seni tari. UKM ini baru dibentuk pada awal tahun 2020. UKM ini telah aktif melakukan kegiatan latihan rutin. Diharapkan nantinya dapat mengikuti lomba-lomba baik tingkat lokal, wilayah maupun nasional. Selain itu juga bisa tampil untuk mengisi berbagai event yang diselenggarakan oleh kampus seperti kegiatan seminar nasional dan wisuda.
- UKM BADMINTON merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat olahraga badminton. UKM ini telah aktif menyelenggarakan kegiatan latihan rutin dan mengikuti kompetisi baik tingkat lokal maupun wilayah.