Struktur Organisasi Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia disusun berdasarkan acuan yang tertuang pada Peraturan Pemerintah No.57 Tahun 1998 tentang Pendidikan Tinggi dan berkembang sesuai dengan ketentuan-ketentuan pemerintah.
Unsur-unsur organisasi di Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia sebagai berikut :
- Unsur Yayasan Bhakti Setya Indonesia terdiri dari Pembina, Pengawas dan Pengurus Yayasan.
- Badan Pelaksana Harian Yayasan Bhakti Setya Indonesia.
- Unsur Pimpinan Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia, yaitu Direktur dan Wakil Direktur.
- Unsur Pelaksana Akademik yaitu Program Studi dan Unit Penelitian Kepada Pengabdian Masyatakat.
- Unsur Pelaksana Administrasi yaitu Administrasi Akademik, Administrasi Umum, Administrasi Keuangan dan Administrasi Kepegawaian.
- Unsur Pelaksana Teknis yaitu perpustakaan, laboratorium dan komputer.
Adapun bagan dan struktur organisasi Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia sebagai berikut :