- Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM)
Badan Eksekutif Mahasiswa adalah organisasi kemahasiswaan yang merupakan lembaga eksekutif tertinggi di Poltekkes BSI. Dalam melaksanakan program kerjanya, BEM berada dibawah pembinaan dan berkoordinasi dengan Wakil Direktur III dan bagian kemahasiswaan. BEM bertugas melaksanakan segala ketetapan dalam AD dan ART BEM Poltekkes BSI, serta mewakili mahasiswa Poltekkes BSI dalam berbagai kegiatan mahasiswa di dalam maupun luar kampus.
- Himpunan Mahasiswa Program Studi (HMPS)
Himpunan Mahasiswa Program Studi adalah organisasi kemahasiswaan sebagai lembaga eksekutif ditingkat prodi yang hanya melaksanakan kegiatan penalaran dan keilmuan sesuai dengan bidang ilmu yang dipelajarinya di program studi masing-masing. HMPS berada dibawah koordinasi BEM dan berkoordinasi pula dengan Ketua Program Studi masing-masing dalam melaksanakan kegiatannya. Kegiatan yang diselenggarakan antara lain seminar, kuliah tamu, workshop, maupun pelatihan yang terkait dengan tema-tema sesuai kompetensi diprogram studi.
- Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM)
Unit Kegiatan Mahasiswa adalah organisasi pelaksana dalam bidang peminatan dan bakat yang berkoordinasi dengan Badan Eksekutif Mahasiswa, berada di bawah pengawasan Wakil Direktur III, serta berhak mendapatkan pembinaan dari dosen pembimbing yang ditunjuk oleh Wakil Direktur III. UKM di lingkungan Poltekkes BSI terdiri atas:
- UKM PSM (Paduan Suara Mahasiswa), merupakan organisasi pelaksana dalam bidang peminatan dan bakat seni suara, antara lain dengan melakukan kegiatan rutin latihan paduan suara untuk mewakili kampus dalam acara-acara lomba maupun undangan acara ceremonial lainnya. PSM Bahana Bhakti Setya secara rutin tampil dalam acara wisuda tahunan Poltekkes BSI, acara PPS, maupun kegiatan lomba dan ceremonial lain diluar kampus.
- UKM PKPM (Penelitian, Kewirausahaan, dan Pengabdian Masyarakat), merupakan organisasi pelaksana dalam bidang penalaran berupa penelitian, kegiatan kewirausahaan, dan pengabdian masyarakat, antara lain dengan mengadakan pelatihan penulisan proposal penelitian/kewirausahaan/pengabdian masyarakat yang berpotensi mendapatkan dana hibah Dikti maupun Dikpora. UKM ini juga telah memiliki unit kewirausahaan yaitu ruang usaha Kopma (Koperasi Mahasiswa) dan SENTRUM (Sentra Usaha Mahasiswa).
- UKM BINGKA (Bimbingan Karakter), merupakan organisasi yang bergerak dalam bidang pembinaan karakter mahasiswa yang beragama selain muslim. UKM ini mengadakan kegiatan positif untuk memperbaiki kepribadian dan karakter mahasiswa melalui pendekatan agama masing-masing.
- UKM EC (English Club), merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat Bahasa Inggris. UKM ini bekerja sama dengan lembaga lain untuk mengadakan test penjajagan TOEFL, latihan rutin bahasa inggris, serta aktif dalam kegiatan NUEDC (National University English Debating Club).
- UKM IMC (Injection Magz Crew), merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat jurnalistik/literasi. UKM ini menyelenggarakan pelatihan kepenulisan serta kegiatan penerbitan majalah kampus dan majalah dinding “Injection”.
- UKM FC (Futsal Club), merupakan organisasi pelaksana kegiatan dalam bidang peminatan dan bakat olah raga khususnya futsal. UKM ini aktif dalam kegiatan latihan rutin dan lomba. Tim Futsal Poltekkes BSI pernah meraih juara 1 dan juara 3 dalam kegiatan lomba futsal tingkat Provinsi DIY.