Struktur Organisasi Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia disusun berdasarkan acuan yang tertuang pada Peraturan Pemerintah No.57 Tahun 1998 tentang Pendidikan Tinggi dan berkembang sesuai dengan ketentuan-ketentuan pemerintah.
Unsur-unsur organisasi di Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia sebagai berikut:
1. Unsur Yayasan Bhakti Setya Indonesia terdiri dari Pembina, Pengawas dan Pengurus Yayasan.
2. Badan Pelaksana Harian Yayasan Bhakti Setya Indonesia.
3. Unsur Pimpinan Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia, yaitu Direktur dan Wakil Direktur.
4. Unsur Pelaksana Akademik yaitu Program Studi dan Unit Penelitian Kepada unit Pengabdian kepada Masyarakat.
5. Unsur Pelaksana Administrasi yaitu Administrasi Akademik, Administrasi Umum, Administrasi Keuangan, dan Administrasi Kepegawaian.
6. Unsur Pelaksana Teknis yaitu perpustakaan, laboratorium, dan komputer.
Adapun bagan dan struktur organisasi Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia sebagai berikut :
