Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia atau lebih dikenal dengan sebutan “POLTEKKES BSI YOGYAKARTA” berdiri di bawah naungan Yayasan “Bhakti Setya Indonesia”. Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia sudah memiliki ijin pendirian dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI) dengan Nomor SK Pendirian 15/DO/2004 tertanggal 19 Februari 2004 dan SK dari Menteri Kesehatan Nomor HK.03.2.4.1.3774 (TD), .3775 (RMIK), .3780 (Farmasi) tanggal 17 September 2003, sehingga para lulusannya bisa dipertanggungjawabkan keabsahannya dan diterima di dunia kerja baik di sektor swasta maupun pemerintah.
Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia sudah mendapat Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi (AIPT) dengan Predikat “B” dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi dengan SK No. 4256/SK/BAN- PT/Akred/PT/XI/2017. Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia memiliki program studi jenjang diploma yang masih jarang dibuka di perguruan tinggi lain namun sangat dibutuhkan oleh dunia kerja khususnya dunia kesehatan. Program studi yang ada di Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia antara lain:
1. D3 Farmasi (Terakreditasi Baik Sekali LAM-PTKes)
2. D3 Rekam Medis Dan Informasi Kesehatan (Terakreditasi B LAM-PTKes)
3. D3 Teknologi Bank Darah (Terakreditasi Baik Sekali LAM-PTKes)
Selain untuk mencetak calon-calon tenaga kesehatan yang terampil dan kompeten di bidangnya, pendirian prodi-prodi tersebut merupakan wujud nyata peran serta Poltekkes BSI bersama Yayasan Bhakti Setya Indonesia dalam upaya menunjang kelancaran pelayanan kesehatan yang bermutu melalui penyiapan sumber daya manusia di bidang kesehatan yang profesional, terampil, cakap, unggul dan mandiri.